Kompetisi Liga Indonesia XII (Liga Djarum Indonesia) yang digelar tahun 2006 menjadi musim ke-18 Arema setelah didirikan pada 11 Agustus 1987. Perjalanan Arema di Ligina XII berakhir di babak 8 besar (peringkat ke-3), lebih baik dari pencapaian sebelumnya di Ligina XI 2005.
Kompetisi Ligina musim ke-12 ini diikuti oleh 28 tim peserta, termasuk Arema yang memakai nama Arema Malang saat itu. Seluruh tim peserta dibagi menjadi dua grup, Wilayah Timur dan Wilayah Barat. Tiap grup terdiri dari 14 tim peserta.
Arema di Ligina XII di Wilayah Barat mampu mengumpulkan 47 poin. Total, Arema yang kala itu dilatih Benny Dollo, sanggup memenangkan 13 laga, 8 kali imbang, dan 5 sisanya berakhir dengan kekalahan. Arema melesakkan 39 gol, dan kebobolan 17 gol. Arema lolos ke babak 8 besar sebagai juara grup Wilayah Barat.
Lalu, di babak 8 besar, Arema tergabung bersama Persik Kediri, PSIS Semarang, dan Persiba Balikpapan. Di grup tersebut, skuad Singo Edan cuma menempati peringkat ke-3. Mereka hanya mengumpulkan tiga poin hasil menang sekali, dan dua laga lainnya berakhir dengan kekalahan.
Pertandingan Arema di Ligina XII (2006)
Putaran I
15 Januari 2006 Arema 2-0 Persita (Aris Budi Prasetyo 41, Emaleu Serge 45)
18 Januari 2006 Arema 3-0 Persitara (Aris Budi Prasetyo 30, Firman Utina 58, Alexander Pulalo 66)
22 Januari 2006 PSIS 1-0 Arema (Hari Salisburi 85)
25 Januari 2006 Persijap 1-1 Arema (Ayouck Berty 1 – Joao Carlos 52)
4 Februari 2006 Arema 1-1 PSMS (Mbom Julien 41og – Mahyadi Panggabean 63)
7 Februari 2006 Arema 3-0 PSDS (Marthen Tao 3, Anthony Jommah Ballah 40, 79)
11 Februari 2006 Persib 1-0 Arema (Redouane Barkaoui 56)
14 Februari 2006 PSIM 0-1 Arema (Emaleu Serge 20)
26 Februari 2006 Arema 3-0 Persekabpas (Franco Hita 16, 87, Emaleu Serge 67)
12 Maret 2006 Arema 0-0 Persija
15 Maret 2006 Arema 4-1 Persikota (Anthony Jomma Ballah 10, 35, Emeleu Serge 37, Alberto 75 bunuh diri – Ndolar Blaise 71)
28 Maret 2006 Sriwijaya 1-1 Arema (Patricio Jimenez 89 – Emaleu Serge 44)
1 April 2006 Semen Padang 1-2 Arema (Matias Santiago 31 – Franco Hita 16, Aris Budi Prasetyo 46)
Putaran II
16 April 2006 Persita 0-0 Arema
19 April 2006 Persitara 1-1 Arema (Juan Felix Boumsong 63 – Anthony Jommah Ballah 26)
10 Mei 2006 Arema 1-0 PSIS (Franco Martin Hita 56)
13 Mei 2006 Arema 3-0 Persijap (Aris Budi 24, Emaleu Serge 36, Franco Hita 55)
21 Mei 2006 PSMS 2-1 Arema (Alejandro Tobar 18 PK, Kusaeri 49 – Leo Soputan 88)
24 Mei 2006 PSDS 1-1 Arema (Emmanuel Obiora 67 – Marthen Tao 47)
28 Mei 2006 Arema vs Persib (dihentikan pada saat kedudukan 2-0 di menit 28 karena hujan deras)
29 Mei 2006 Arema 3-1 Persib (laga lanjutan sisa 62 menit) (Emaleu Serge 6, Anthony Jommah Ballah 24, Marthen Tao 75 – Charis Yulianto 67)
31 Mei 2006 Arema vs PSIM (mendapatkan kemenangan 3-0 karena PSIM mundur karena adanya gempa bumi)
7 Juni 2006 Persekabpas 1-2 Arema (Ullian Souza 1 – Emaleu Serge 65, Marthen Tao 79)
11 Juni 2006 Persija 1-0 Arema (Roger Batoum 10 PK)
14 Juni 2006 Persikota 2-1 Arema (Aliyudin 9, Alberto 11 – Anthony Jommah Ballah 38)
21 Juni 2006 Arema 1-1 Sriwijaya FC (Emaleu Serge 34 – Andi Odang 89)
24 Juni 2006 Arema 1-0 Semen Padang (Aris Budi Prasetyo 15)
Klasemen Akhir Ligina XII
Wilayah Barat
1. Arema Malang 26 13 8 5 39-17 47 (lolos ke babak 8 besar)
2. Persija Jakarta 26 13 8 5 26-16 47 (lolos ke babak 8 besar)
3. PSIS Semarang 26 13 5 8 33-27 44 (lolos ke babak 8 besar)
4. Persekabpas Pasuruan 26 12 6 8 35-27 42 (lolos ke babak 8 besar)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
5. PSMS Medan 26 12 3 11 31-27 39
6. Sriwijaya FC 26 8 10 8 29-24 34
7. Persikota Tangerang 26 9 7 10 34-37 34
8. Persitara Jakarta Utara 26 10 4 12 29-34 34 (*)
9. Persijap Jepara 26 8 9 9 25-27 33
10. Persita Tangerang 26 8 8 10 25-30 32
11. Semen Padang 26 8 6 12 20-24 30
12. Persib Bandung 26 7 8 11 23-30 29
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
13. PSDS Deli Serdang 26 8 5 13 32-41 29
14.PSIM Yogyakarta 26 7 5 14 23-43 26 (**)
NB:
(*) Partai kandang di Cilegon
(**) PSIM memutuskan mengundurkan diri setelah di daerah Jawa Tengah terjadi gempa bumi. Enam pertandingan sisa yang ditinggalkan PSIM dianggap WO (pemberian kemenangan 3-0 kepada lawannya). Tidak ada tim yang terdegradasi di musim ini karena kontestan Divisi Utama diperbanyak dari 28 menjadi 36 klub di musim 2007.
Wilayah Timur
1. Persmin Minahasa 26 16 2 8 37-26 50 (lolos ke babak 8 besar)
2. Persik Kediri 26 14 5 7 53-24 47 (lolos ke babak 8 besar)
3. PSM Makassar 26 12 6 8 44-32 42 (lolos ke babak 8 besar)
4. Persiba Balikpapan 26 12 5 9 35-28 41 (lolos ke babak 8 besar)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
5. Persiwa Wamena 26 11 7 8 34-34 40
6. Persela Lamongan 26 10 8 8 23-23 38
7. Persema Malang 26 11 3 12 39-37 36
8. Persipura Jayapura 26 9 8 9 27-23 35
9. Persiter Ternate 26 10 5 11 33-34 35
10. PKT Bontang 26 10 5 11 33-42 35
11. Persibom Kotamobagu 26 9 6 11 35-46 33
12. Delta Putra Sidoarjo 26 9 5 12 35-32 32
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
13. PSS Sleman 26 6 5 15 18-40 23 (**)
14. Persegi Mojokerto 26 5 6 15 24-49 21 (*)
NB:
(*) Persegi pindah dari Gianyar ke Mojokerto. Persegi pada 2007 kembali lagi ber-home base di Bali dan berganti nama menjadi Persegi Bali FC.
(**) PSS memutuskan mengundurkan diri setelah di daerah Jawa Tengah terjadi gempa bumi. Enam ertandingan sisa yang ditinggalkan PSS dianggap WO (pemberian kemenangan 3-0 kepada lawannya). Tidak ada tim yang terdegradasi karena kontestan Divisi Utama diperbanyak dari 28 menjadi 36 klub di musim 2007.
Babak 8 Besar
Wilayah Barat (Stadion Manahan, Solo)
18 Juli 2006 Arema 0-1 PSIS (Gustavo Hernan Ortiz 81)
20 Juli 2006 Persiba 0-3 Arema (Firman Utina 18, Franco Hita 61, Aris Budi Prasetyo 80 PK)
24 Juli 2006 Arema 0-1 Persik (Harianto 88)
1. Persik Kediri 3 2 1 0 4- 1 7 (lolos ke babak semifinal)
2. PSIS Semarang 3 2 0 1 3- 3 6 (lolos ke babak semifinal)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
3. Arema Malang 3 1 0 2 3- 2 3
4. Persiba Balikpapan 3 0 1 2 0- 4 1
Wilayah Timur (Stadion Petrokimia, Gresik)
1. Persekabpas Pasuruan 3 2 1 0 10- 4 7 (lolos ke babak semifinal)
2.Persmin Minahasa 3 0 3 0 4- 4 3 (lolos ke babak semifinal)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
3.Persija Jakarta 3 0 2 1 1- 3 2
4. PSM Makassar 3 0 2 1 3- 7 2
Babak Semifinal
27 Juli 2006 (Stadion Manahan, Solo)
Persik 3-1 Persmin (Christian Gonzales 18, Khusnul Yuli Kurniawan 25, Ebi Sukore 75 – Jorge Toledo 69 PK)
Persekabpas 0-1 PSIS (Imral Usman 10)
Babak Final
30 Juli 2006 (Stadion Manahan, Solo, 25.000)
Persik 1-0 PSIS (Christian Gonzales 109)
Top Skorer Ligina XII
32 gol Cristian Gonzalez (11 pen) (Persik)
20 gol Beto Goncalves da Costa (Persipura), Julio Lopez (3 PK) (PSIS)
19 gol Sunday Seah (Persiwa)
18 gol James Koko Lomell (PSMS)
17 gol Aliyudin (Persija), Bambang Pamungkas (Persija)
Top Skorer Arema
Emaleu Serge 9 gol
Anthony Jommah Ballah 7 gol
Franco Hita 6 gol
Aris Budi Prasetyo 6 gol (1 gol dari penalti)
Marthen Tao 4 gol
Firman Utina 2 gol
Alexander Pulalo 1 gol
Joao Carlos 1 gol
Leo Soputan 1 gol
Susunan Manajemen Arema
Ketua Yayasan Arema: Drs. H. Darjoto Setiawan, MM
Sekretaris: Ir. H. Satrija Budi Wibawa
Bendahara: Nicolaas B Tirtadinata
Manager Arema: Ir. H. Gandi Yogatama
Bendahara: Haryanto
Humas: M. Taufan
Penanggung jawab Akademi Arema: Benny Dollo
Sekretariat: Ekoyono Hartono
Pelatih: Benny Dollo
Asisten Pelatih: Winarto
Susunan Pemain Arema di Ligina XII
Kiper:
Kurnia Sandy
Sillas Ohe
Achmad Kurniawan
Bek:
Warsidi Ardi
Akira Leo Soputan
Sunar Sulaiman
Claudio de Jesus (Brasil)
Andela Atangana (Kamerun)
Aries Budi Prasetyo
Alexander Pulalo
Muhammad Zaenuri
Rasmoyo
Erol FX Iba
Richie Pravita Hari
Gelandang:
I Putu Gede
Joao Carlos (Brazil)
Antony Jomah Ballah (Liberia)
Firman Utina
Sutaji
Arif Suyono
Penyerang:
Marthen Tao
Hubertho Monim
Prastowo Adi Prasetyo
Franco Hita (Argentina)
Emaleu Serge (Kamerun)